2001年，李琰被派往斯洛伐克援教，在两年时间内带领斯洛伐克队成为欧洲强队。2003年，李琰被聘为美国短道速滑队主教练。
2006年都灵冬奥会，李琰的弟子阿波罗·大野获得了男子500米金牌[2]。2006年都灵冬奥会结束后，李琰拒绝了美国的续约要求，回国担任中国短道速滑队主教练。
2010年温哥华冬奥会，李琰带领王濛夺得短道速滑500米冠军，使王濛成为中国第一个在冬奥会上成功卫冕的冠军。在王濛赛完之后，她跪倒在冰面向教练李琰表示感谢。周洋夺得短道速滑1500米冠军，打破了韩国短道速滑在这个项目上的垄断，成为首位在冬奥会该项目上夺得金牌的非韩国选手。王濛，周洋，张会和孙琳琳组成的中国女队以4分06秒610的成绩打破女子3000米接力的世界纪录、勇夺冬奥会桂冠，为中国队夺得本届冬奥会第四枚金牌。这枚金牌不但打破了韩国队接力项目连续四届冬奥会的垄断，同时也是中国代表团在冬奥会历史上首枚团体金牌。王濛，周洋在女子1000米决赛中角逐冠军。最终，王濛获得冠军，中国女子短道速滑队包揽了4个所有项目的金牌，创造了冬奥会的记录。王濛也成为冬奥会史上三次夺冠的第一人[3]。
2014年索契冬奥会，李琰带领中国短道速滑队在所有男女8个项目中均闯入决赛，获得2金3银1铜的优异战绩。2017年，她当选中国滑冰协会主席。2018年平昌冬奥会，李琰仍旧担任中国短道速滑队主教练，带领队伍获得1金2银。2019年1月，她就任中国奥委会委员，同年5月卸任中国短道速滑队主教练。2021年11月2日，李琰兼任中国速度滑冰队总教练。
2022年2月4日，李琰担任第二棒火炬手在2022年北京冬奥会开幕式的鸟巢体育场进行火炬传递[4]。