首届赛事于2014年举行，共12 支球队参与，但直至2013年11月19日，赛会仍对三支球队进行牌照评核，以使其中一支能赶及参与第一届赛事。2013年12月2日，赛会宣布盛冈仙鹤取得首届赛事最后一个名额。
2015年球季增至 13 支球队参与。
2016年球季参赛球队增至 16 队：2015年JFL第四名鹿儿岛联升至J3（亚军的沼津因球场未符合规定，未能升班）。日职联U22选拔队退出联赛，而 J1 及 J2 球队的青年军则可参赛，但名额不得超过日丙A队总数三份之一，并规定主队如降至J3，青年军不得参赛。J1的FC东京、大阪飞脚及J2大阪樱花将会派出青年军首度参赛J3。
随后赛会取消青年军参赛，以便更多职业化球会加入，使参赛球队总数增至20队。
因应职业联赛系统于2024年改制，2023年起，参赛球队总数定为20队，并实施降级制。